Η κορυφαία στιγμή στην ιστορία του συλλόγου ήρθε το 2001, όταν κατέκτησε το FIBA Saporta Cup, γράφοντας το όνομά του στο ευρωπαϊκό στερέωμα και αποτελώντας την έκτη ελληνική ομάδα που κατακτά ευρωπαϊκό τίτλο. Λίγα χρόνια αργότερα, το 2004, έφτασε μέχρι τον τελικό του FIBA EuroChallenge, ενώ την ίδια περίοδο πρωταγωνίστησε και στην Ελλάδα, φτάνοντας μέχρι τους τελικούς της Α1 και κατακτώντας υψηλές θέσεις στο πρωτάθλημα.
Η ευρωπαϊκή του πορεία κορυφώθηκε τη σεζόν 2009-10, όταν προκρίθηκε στην Ευρωλίγκα και κατάφερε να φτάσει μέχρι το Top-16 της διοργάνωσης, πετυχαίνοντας σπουδαίες νίκες απέναντι σε μεγάλες δυνάμεις του ευρωπαϊκού μπάσκετ. Παρά τα σοβαρά οικονομικά προβλήματα που ακολούθησαν και οδήγησαν τον σύλλογο σε αγωνιστική πτώση, το Μαρούσι παραμένει μία από τις πιο επιτυχημένες επαρχιακές δυνάμεις του ελληνικού μπάσκετ, με σημαντική ευρωπαϊκή παρακαταθήκη και παρουσία στην ιστορία του αθλήματος.
Αυτό όμως που κάνει το Μαρούσι να είναι μία ανταγωνιστική ομάδα, που παλεύει πάντα για το καλύτερο χωρίς να τον ενδιαφέρουν οι αναποδιές, είναι οι φίλαθλοί του. Η καρδιά της ομάδας. Και πρέπει να δώσουμε τη δέουσα προσοχή σε αυτό, αφού μιλάμε για έναν από τους μεγαλύτερους δήμους της Αττικής, με ένα γήπεδο περίπου 1.800 θέσεων, το οποίο ωστόσο κάθε φορά γεμίζει και οι φίλοι της ομάδας ζητοκραυγάζουν δίχως… αύριο.
Το ρομαντικό της όλης υπόθεσης, είναι το local στοιχείο, η κουλτούρα του ντόπιου, που χαρακτηρίζει και το Μαρούσι. Κάλλιστα, μιας και εκεί είναι επίσης η έδρα του (T-Center), οι περισσότεροι θα μπορούσαν να υποστηρίζουν (μόνο) τον Παναθηναϊκό ή την ΑΕΚ ή ακόμα και τον Ολυμπιακό, μία δηλαδή από τις παραδοσιακά δυνατές ομάδες της Αττικής. Παρόλα αυτά, ακόμα και αν υποστηρίζουν μία από αυτές, οι Αμαρουσιώτες αγαπούν τον τόπο και την ομάδα τους.
Το κλειστό του Αγίου Θωμά αποτελεί κάτι σαν safe place για εκείνους, αφού το γεγονός πως είναι μικρότερο σε μέγεθος και όχι… αχανές, δίνει την ευκαιρία στους ίδιους τους φιλάθλους να μεταδώσουν τον παλμό τους στους παίκτες λίγα μόλις μέτρα μακριά από το παρκέ. Δεν είναι άλλωστε λίγες οι φορές, που οι παίκτες του Αμαρουσίου έχουν γιορτάσει μία σπουδαία νίκη μαζί με τους φιλάθλους της ομάδας, έπειτα από εξαντλητικά ματς.
Άλλωστε, η αγάπη τους δεν σταμάτησε ποτέ να τροφοδοτεί την ομάδα, βοηθώντας τη δύο σερί σεζόν να πετύχει τον στόχο της παραμονής στο απαιτητικό ελληνικό πρωτάθλημα. Η υποστήριξη του κόσμου του Αμαρουσίου, αποτελεί κάτι σπάνιο για μία τοπική ομάδα, που δεν έχει δεδομένα την ίδια δυναμική με τον Παναθηναϊκό ή τον Ολυμπιακό. Είναι κάτι που δεν το συναντάς συχνά και σίγουρα προκαλεί εντύπωση, κυρίως για τους λόγους που ωθούν έναν ντόπιο να υποστηρίξει (και) την ομάδα της γειτονιάς του.
Το Μαρούσι όμως, έχει την αμέριστη στήριξη των φιλάθλων του σε κάθε ματς, είτε αυτό στο τέλος επιφυλάσσει χαρά είτε λύπη.